角膜は厚さ約0.5 mmの透明な組織で、俗に「黒目」と呼ばれています。その角膜に病原性を持った微生物が付着し繁殖した状態を角膜感染症と呼びます。通常、角膜の表面は角膜上皮という組織で覆われており、簡単には微生物が進入できないような構造になっています。しかし、何らかの原因で角膜上皮に傷ができてしまうと微生物が付着し繁殖しやすくなります。角膜感染症を起こす主な微生物として、細菌・真菌（病原性を有するカビ）・アカントアメーバ・ヘルペスウイルスなどがあります。